2005年4月12日，独联体执行委员会与上合组织秘书处在北京签署谅解备忘录，独联体成为第一个与上合组织以签署具有法律效力的文件来确立合作关系的国际组织。4月21日，上合组织秘书处与东盟秘书处签署了谅解备忘录。7月5日，上合组织给予巴基斯坦、伊朗、印度观察员国地位。11月4日，上合组织与阿富汗签署关于建立联络小组的议定书。
2006年5月22日，上合组织论坛在莫斯科成立。6月15日，六国元首签署了《上海合作组织五周年宣言》等重要文件，为上合组织的下一步发展确定了方向和任务。
2007年8月16日，六国元首在吉首都比什凯克签署了《上海合作组织成员国长期睦邻友好合作条约》，把成员国人民“世代友好、永保和平”的思想以法律形式确定下来。
2008年8月28日，元首理事会第八次会议在塔吉克斯坦首都杜尚别举行。六国元首就上海合作组织发展和合作重点方向、相互关系准则、对外交往基本立场等达成新的重要共识。会议通过了《上海合作组织成员国元首杜尚别宣言》 《上海合作组织对话伙伴条例》等重要文件。