2001年6月14日至15日，由中国、俄罗斯、哈萨克斯坦、吉尔吉斯斯坦、塔吉克斯坦组成的“上海五国”元首在上海举行第六次会晤，乌兹别克斯坦以完全平等的身份加入“上海五国”。15日，六国元首签署《上海合作组织成立宣言》，上海合作组织正式成立。
2002年6月7日，六国元首在俄罗斯圣彼得堡签署《上海合作组织宪章》，标志着该组织从国际法意义上得以真正建立。
2003年5月29日，元首理事会第三次会议在莫斯科举行。六国元首签署《上海合作组织成员国元首宣言》。
2004年6月17日，元首理事会第四次会议在乌兹别克斯坦首都塔什干举行。六国元首正式启动上海合作组织地区反恐怖机构，签署、批准了《塔什干宣言》、反毒合作协议等多份重要文件，并决定采取新举措，推进安全和经济方面的务实合作，建立成员国外交部间协作机制等。塔什干峰会标志着成立三年的上合组织正式结束初创阶段，进入了全面发展的新时期。会上，蒙古国被吸收为上合组织观察员。